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Inst Reports – Überblick über Publikationen der/des IAS-5 für das Berichtsjahr 2022

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Inhalt

Die Publikationen in den Abschnitten A und B sind alle Text-Publikationen, die für die Programmberichte bzw. den Zentrenfortschrittsbericht für das Jahr 2022 gemeldet werden. Diese Liste kann nicht mehr geändert werden. Jülicher Autoren sind fett gedruckt.

Die Publikationsliste dieses Berichtes gibt es auch als ODS-Datei, allerdings ist nur die aktuelle Webseite verbindlich für das Berichtswesen.

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A. ISI/Scopus-referierte Publikationen

Hierzu zählen Publikationen in Journals, die entweder in der Master Journal List „Web of Science Core Collection“ von Clarivate Analytics oder in der „Scopus Source List“ von Elsevier gelistet sind.

Anzahl zählbare Publikationen: 27

TitelAutorenJournal/KonferenzPOFandere Institutezuletzt geändert
Molecular Dynamics-Assisted Interpretation of Experimentally Determined Intrinsically Disordered Protein Conformational Components: The Case of Human α-SynucleinPalomino-Hernandez, Oscar; Santambrogio, Carlo; Rossetti, Giulia; Fernandez, Claudio O.; Grandori, Rita; Carloni, PaoloThe journal of physical chemistry <Washington, DC> / B 5241, 5111 INM-9, JSC 21.3.2023
Structure-Based Screening Reveals a Ligand That Stabilizes the [2Fe-2S] Clusters of Human mitoNEET and Reduces Ovarian Cancer Cell ProliferationMarjault, Henri-Baptiste; Yang-Sung, Sohn; Zuo, Ke; Carloni, Paolo; Mittler, Ron; Nechushtai, RachelThe journal of physical chemistry <Washington, DC> / B 5241 INM-9 25.1.2023
C-Graphs Tool with Graphical User Interface to Dissect Conserved Hydrogen-Bond Networks: Applications to Visual RhodopsinsBertalan, Éva; Lesca, Elena; Schertler, Gebhard F. X.; Bondar, Ana-NicoletaJournal of chemical information and modeling 5241 INM-9 25.1.2023
Preproteins couple the intrinsic dynamics of SecA to its ATPase cycle to translocate via a catch and release mechanismKrishnamurthy, Srinath; Sardis, Marios-Frantzeskos; Eleftheriadis, Nikolaos; Chatzi, Katerina E.; Smit, Jochem H.; Karathanou, Konstantina; Gouridis, Giorgos; Portaliou, Athina G.; Bondar, Ana-Nicoleta; Karamanou, Spyridoula; Economou, AnastassiosCell reports 5241 INM-9 25.1.2023
Algorithm to catalogue topologies of dynamic lipid hydrogen-bond networksKarathanou, Konstantina; Bondar, Ana-NicoletaBiochimica et biophysica acta / Biomembranes 5241 INM-9 25.1.2023
Conserved hydrogen-bond motifs of membrane transporters and receptorsLazaratos, Michalis; Siemers, Malte; Brown, Leonid S.; Bondar, Ana-NicoletaBiochimica et biophysica acta / Biomembranes 5241 INM-9 24.1.2023
Graphs of Hydrogen-Bond Networks to Dissect Protein Conformational DynamicsBondar, Ana-NicoletaThe journal of physical chemistry <Washington, DC> / B 5241 INM-9 24.1.2023
Mechanisms of long-distance allosteric couplings in proton-binding membrane transportersBondar, Ana-NicoletaAdvances in protein chemistry and structural biology 5241 INM-9 24.1.2023
Opioid Receptors and Protonation-Coupled Binding of Opioid DrugsLešnik, Samo; Bertalan, Éva; Bren, Urban; Bondar, Ana-NicoletaInternational journal of molecular sciences 5241 INM-9 24.1.2023
Proton Transfers to DNA in Native Electrospray Ionization Mass Spectrometry: A Quantum Mechanics/Molecular Mechanics StudyPaulikat, Mirko; Aranda, Juan; Ippoliti, Emiliano; Orozco, Modesto; Carloni, PaoloThe journal of physical chemistry letters 5241 INM-9 24.1.2023
Aromaticity at position 39 in α‐synuclein: A modulator of amyloid fibril assembly and membrane‐bound conformationsBuratti, Fiamma A.; Boeffinger, Nicola; Garro, Hugo A.; Flores, Jesica S.; Hita, Francisco J.; Gonçalves, Phelippe do Carmo; Copello, Federico dos Reis; Lizarraga, Leonardo; Rossetti, Giulia; Carloni, Paolo; Zweckstetter, Markus; Outeiro, Tiago F.; Eimer, Stefan; Griesinger, Christian; Fernández, Claudio O.Protein science 5252, 5111 INM-9, INM-11, JSC 24.1.2023
Ligand based conformational space studies of the μ-opioid receptorSena, Diniz M.; Cong, Xiaojing; Giorgetti, AlejandroBiochimica et biophysica acta / General subjects 5241 INM-9 23.1.2023
Nintedanib targets KIT D816V neoplastic cells derived from induced pluripotent stem cells of systemic mastocytosisToledo, Marcelo A. S.; Gatz, Malrun; Sontag, Stephanie; Gleixner, Karoline V.; Eisenwort, Gregor; Feldberg, Kristina; Hamouda, Ahmed E. I.; Kluge, Frederick; Guareschi, Riccardo; Rossetti, Giulia; Sechi, Antonio S.; Dufva, Olli M. J.; Mustjoki, Satu M.; Maurer, Angela; Schüler, Herdit M.; Goetzke, Roman; Braunschweig, Till; Kaiser, Anne; Panse, Jens; Jawhar, Mohamad; Reiter, Andreas; Hilberg, Frank; Ettmayer, Peter; Wagner, Wolfgang; Koschmieder, Steffen; Brümmendorf, Tim H.; Valent, Peter; Chatain, Nicolas; Zenke, MartinBlood 5111, 5241 INM-9, JSC 16.1.2023
Unveiling the G4-PAMAM capacity to bind and protect Ang-(1-7) bioactive peptide by molecular dynamics simulationsChi, L. América; Asgharpour, Somayeh; Correa-Basurto, José; Bandala, Cindy Rodríguez; Martínez-Archundia, MarletJournal of computer aided molecular design 5241 INM-9 15.11.2022
Topological origin of the protein folding transitionDi Cairano, Loris; Capelli, Riccardo; Bel-Hadj-Aissa, Ghofrane; Pettini, MarcoPhysical review / E Keine POF gefunden; wurde nicht gezählt! INM-9 15.11.2022
Interplay between local protein interactions and water bridging of a proton antenna carboxylate clusterBondar, Ana-NicoletaBiochimica et biophysica acta / Biomembranes 5241 INM-9 14.11.2022
Hydrogen-bond networks for proton couplings in G-Protein coupled receptorsBondar, Ana-Nicoleta; Alfonso-Prieto, MercedesFrontiers in physics 5241 INM-9 27.10.2022
α-Synuclein phosphorylation at serine 129 occurs after initial protein deposition and inhibits seeded fibril formation and toxicityGhanem, Simona S.; Majbour, Nour K.; Vaikath, Nishant N.; Ardah, Mustafa T.; Erskine, Daniel; Jensen, Nanna Møller; Fayyad, Muneera; Sudhakaran, Indulekha P.; Vasili, Eftychia; Melachroinou, Katerina; Abdi, Ilham Y.; Poggiolini, Ilaria; Santos, Patricia; Dorn, Anton; Carloni, Paolo; Vekrellis, Kostas; Attems, Johannes; McKeith, Ian; Outeiro, Tiago F.; Jensen, Poul Henning; El-Agnaf, Omar M. A.Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 5241 INM-9 27.10.2022
On the derivation of a Nonlinear Generalized Langevin EquationDi Cairano, LorisJournal of physics communications 5241 INM-9 27.10.2022
Wavefunction-Based Electrostatic-Embedding QM/MM Using CFOUR through MiMiCKirsch, Till; Olsen, Jógvan Magnus Haugaard; Bolnykh, Viacheslav; Meloni, Simone; Ippoliti, Emiliano; Rothlisberger, Ursula; Cascella, Michele; Gauss, JürgenJournal of chemical theory and computation 5241 INM-9 27.10.2022
CHARMM Force-Field Parameters for Morphine, Heroin, and Oliceridine, and Conformational Dynamics of Opioid DrugsGiannos, Thomas; Lešnik, Samo; Bren, Urban; Hodošček, Milan; Domratcheva, Tatiana; Bondar, Ana-NicoletaJournal of chemical information and modeling 5241 INM-9 27.9.2022
Innovative Non-PrP-Targeted Drug Strategy Designed to Enhance Prion ClearanceColini Baldeschi, Arianna; Zattoni, Marco; Vanni, Silvia; Nikolic, Lea; Ferracin, Chiara; La Sala, Giuseppina; Summa, Maria; Bertorelli, Rosalia; Bertozzi, Sine Mandrup; Giachin, Gabriele; Carloni, Paolo; Bolognesi, Maria Laura; De Vivo, Marco; Legname, GiuseppeJournal of medicinal chemistry 5241 INM-9 23.9.2022
A comparative study of receptor interactions between SARS-CoV and SARS-CoV-2 from molecular modelingLai, Hien T. T.; Nguyen, Ly H.; Phan, Anh D.; Kranjc Pietrucci, Agata; Nguyen, Toan T.; Nguyen-Manh, DucJournal of molecular modeling 5241 INM-9 20.9.2022
The geometric theory of phase transitionsDi Cairano, LorisJournal of physics / A Keine POF gefunden; wurde nicht gezählt! INM-9 20.9.2022
Enhanced-Sampling Simulations for the Estimation of Ligand Binding Kinetics: Current Status and PerspectiveAhmad, Katya; Rizzi, Andrea; Capelli, Riccardo; Mandelli, Davide; Lyu, Wenping; Carloni, PaoloFrontiers in molecular biosciences 1215 INM-9 20.9.2022
OLHA (N-oleoylhistamine) modulates activity of mouse brain histaminergic neuronsSergeeva, Olga A.; Mazur, Karolina; Reiner-Link, David; Lutsenko, Kiril; Haas, Helmut L.; Alfonso-Prieto, Mercedes; Stark, HolgerNeuropharmacology 5241, 5252 INM-9 27.6.2022
Structure-function relationships of the disease-linked A218T oxytocin receptor variantMeyer, Magdalena; Jurek, Benjamin; Alfonso-Prieto, Mercedes; Ribeiro, Rui; Milenkovic, Vladimir M.; Winter, Julia; Hoffmann, Petra; Wetzel, Christian H.; Giorgetti, Alejandro; Carloni, Paolo; Neumann, Inga D.Molecular psychiatry 5241, 5251, 5252 INM-9 27.6.2022
An anti-diabetic drug targets NEET (CISD) proteins through destabilization of their [2Fe-2S] clustersMarjault, Henri-Baptiste; Karmi, Ola; Zuo, Ke; Michaeli, Dorit; Eisenberg-Domovich, Yael; Rossetti, Giulia; de Chassey, Benoit; Vonderscher, Jacky; Cabantchik, Ioav; Carloni, Paolo; Mittler, Ron; Livnah, Oded; Meldrum, Eric; Nechushtai, RachelCommunications biology 5252, 5111 INM-9, JSC 17.5.2022
Multiple Poses and Thermodynamics of Ligands Targeting Protein Surfaces: The Case of Furosemide Binding to mitoNEET in Aqueous SolutionHoang Gia, Linh; Goßen, Jonas; Capelli, Riccardo; Nguyen, Toan T.; Sun, Zhaoxi; Zuo, Ke; Schulz, Jörg B.; Rossetti, Giulia; Carloni, PaoloFrontiers in cell and developmental biology 5252, 5251, 5111 INM-9, JSC 27.4.2022
Hamiltonian chaos and differential geometry of configuration space–timeDi Cairano, Loris; Gori, Matteo; Pettini, Giulio; Pettini, MarcoPhysica / D Keine POF gefunden; wurde nicht gezählt! INM-9 1.2.2022

B. Andere referierte Publikationen

Hierzu zählen Publikationen in Journals, die nicht unter (A) fallen. Die Vergabe einer DOI ist zwingende Voraussetzung. Sonderfall Erde und Umwelt: Hier zählen einschließlich Bücher und Buchkapitel.

Anzahl zählbare Publikationen: 1

TitelAutorenJournal/KonferenzPOFandere Institutezuletzt geändert
Structural Foundations of Potassium Selectivity in ChannelrhodopsinsGovorunova, Elena G.; Sineshchekov, Oleg A.; Brown, Leonid S.; Bondar, Ana-Nicoleta; Spudich, John L.mBio 5241 INM-9 24.1.2023

C. Datenpublikationen

Hierzu zählen Publikationen, die in Jülich DATA verzeichnet sind.

Fehlende POF-Zuordnungen muss man in Jülich DATA nachtragen. Bitte beachten Sie, dass diese Nachtragungen dann aber erst für das folgende Berichtsjahr gewertet werden, weil die Deadline für 2022 bereits verstrichen ist.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenPOFandere Institutezuletzt geändert
keine

C. Software-Publikationen

Hierzu zählen Publikationen, die in Jülich DATA verzeichnet sind.

Fehlende POF-Zuordnungen muss man in Jülich DATA nachtragen. Bitte beachten Sie, dass diese Nachtragungen dann aber erst für das folgende Berichtsjahr gewertet werden, weil die Deadline für 2022 bereits verstrichen ist.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenPOFandere Institutezuletzt geändert
keine