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Inst Reports – Überblick über Publikationen der/des IBG-4 für das Berichtsjahr 2025

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Inhalt

Die Publikationen in den Abschnitten A und B sind alle Text-Publikationen, die nach Stand 1.7.2025 für die Programmberichte bzw. den Zentrenfortschrittsbericht für das Jahr 2025 gemeldet werden. Jülicher Autoren sind fett gedruckt.

Stellen Sie bitte sicher, dass dies auch alle Publikationen sind, die aus Ihrem Institut bzw. Institutsbereich gemeldet werden sollen. Als einen Anhaltspunkt für eventuelle Nachtragungen können Sie einen Abgleich mit im „Web of Science“ gefundenen Publikationen nehmen, der stets Anfang November von der Zentralbibliothek verschickt wird.

Beachten Sie, dass u.U. einige der Publikationen in den Abschnitten A bis D noch keine POF-Zuordnung haben. Tragen Sie diese bitte nach, ansonsten werden die betroffenen Publikationen nicht gezählt.

Die Publikationsliste dieses Berichtes gibt es auch als ODS-Datei, allerdings ist nur die aktuelle Webseite verbindlich für das Berichtswesen.

Diese Seite ist ein Dienst der ZB. Fragen können Sie richten an: juser@fz-juelich.de

Der Quellcode, der diesen Bericht erstellt, ist frei verfügbar.

A. ISI/Scopus-referierte Publikationen

Hierzu zählen Publikationen in Journals, die entweder in der Master Journal List „Web of Science Core Collection“ von Clarivate Analytics oder in der „Scopus Source List“ von Elsevier gelistet sind.

Anzahl zählbare Publikationen: 14

TitelAutorenJournal/KonferenzPOFandere Institutezuletzt geändert
PyPE_RESP: A Tool to Facilitate and Standardize Derivation of RESP ChargesLapsien, Marco; Bonus, Michele; Gahan, Lianne; Raguin, Adélaïde; Gohlke, HolgerJournal of chemical information and modeling 2171 1.7.2025
Cyclophilin A Regulates Tripartite Motif 5 Alpha Restriction of HIV-1Wang, Tingting; Becker, Daniel; Twizerimana, Augustin Penda; Luedde, Tom; Gohlke, Holger; Münk, CarstenInternational journal of molecular sciences 2171 1.7.2025
CD63 as novel target for nanoemulsion-based 19 F MRI imaging and drug delivery to activated cardiac fibroblastsMartínez, Arlen Aurora Euan; Bergmann, Ann Kathrin; Tellkamp, Frederik; Schott-Verdugo, Stephan; Bouvain, Pascal; Steinhausen, Julia; Bahr, Jasmin; Kmietczyk, Vivien; Bencun, Maja; Flögel, Ulrich; Distler, Jörg H. W.; Krueger, Marcus; Völkers, Mirko; Czekelius, Constantin; Gohlke, Holger; Temme, Sebastian; Hesse, Julia; Schrader, JürgenTheranostics 2171 1.7.2025
Identification of non-charged 7.44 analogs interacting with the NHR2 domain of RUNX1-ETO with improved antiproliferative effect in RUNX-ETO positive cellsGopalswamy, Mohanraj; Bickel, David; Dienstbier, Niklas; Tu, Jia-Wey; Vogt, Melina; Schott-Verdugo, Stephan; Bhatia, Sanil; Etzkorn, Manuel; Gohlke, HolgerScientific reports 2171 IBI-7 1.7.2025
Molecular mechanisms underlying the early steps of floral initiation in seasonal flowering genotypes of cultivated strawberryZiegler, Freya; Gaston, Amelia; Guy, Karine; Devers, Marie; Krüger, Erika; Brauksiepe, Bastienne; Eimert, Klaus; Osorio, Sonia; Denoyes, Beatrice; Usadel, BjörnFrontiers in plant science 2171 1.7.2025
TopCysteineDB: A Cysteinome-wide Database Integrating Structural and Chemoproteomics Data for Cysteine Ligandability PredictionBonus, Michele; Greb, Julian; Majmudar, Jaimeen D.; Boehm, Markus; Korczynska, Magdalena; Nazemi, Azadeh; Mathiowetz, Alan M.; Gohlke, HolgerJournal of molecular biology 2171 1.7.2025
Human chitinases and chitinase-like proteins as emerging drug targets – a medicinal chemistry perspectiveKurç, Önder; Rähse, Nick; Gohlke, Holger; Cramer, JonathanRSC medicinal chemistry 2171 1.7.2025
Haplotype-resolved genomeassembly of the tetraploid potatocultivar DésiréeGodec, Tim; Beier, Sebastian; Rodriguez-Granados, NataliaYaneth; Sasidharan, Rashmi; Abdelhakim, Lamis; Teige, Markus; Usadel, Björn; Gruden, Kristina; Petek, MarkoAdvances in data science and adaptive analysis: theory and applications 2171 1.7.2025
TopEC: prediction of Enzyme Commission classes by 3D graph neural networks and localized 3D protein descriptorvan der Weg, Karel; Merdivan, Erinc; Piraud, Marie; Gohlke, HolgerNature Communications 2171 1.7.2025
A platform for the biomedical application of large language modelsLobentanzer, Sebastian; Feng, Shaohong; Bruderer, Noah; Maier, Andreas; Díaz, Adrián G.; Strange, Amy; Ismail, Anis; Kulaga, Anton; Dugourd, Aurelien; Zdrazil, Barbara; Chassagnol, Bastien; Pommier, Cyril; Lucarelli, Daniele; McDonagh, Ellen M.; Verkinderen, Emma; Delgado-Chaves, Fernando M.; Fuellen, Georg; Sonntag, Hannah; Menger, Jonatan; Christiaen, Lionel; Geistlinger, Ludwig; Zetsche, Luna Zacharias; Engelke, Marlis; McNutt, Megan; Harrison, Melissa; Hizli, Melissa; Usanov, Nikolai; Baracho, Patrick; Beier, Sebastian; Boeing, Stefan; Muranen, Taru A.; Le, Trang T.; Dragan, Valeriia; Zhou, Xiao-Ran; Nielsen-Tehranchian, Yasmin; Song, Yuyao; Wang, Cankun; Baumbach, Jan; Abreu-Vicente, Jorge; Krehl, Nils; Ma, Qin; Lemberger, Thomas; Saez-Rodriguez, JulioNature biotechnology 2171 1.7.2025
The mycotoxin Beauvericin is an uncompetitive inhibitor of Cathepsin BYang, Xiaoli; Cea-Medina, Pablo; Gopalswamy, Mohanraj; Vaidya, Aparna; Schavier, Sonja; Oltzen, Shixin; Moßner, Sofie; Huang, Anfei; Qi, Jing; Hölken, Johanna Maria; Teusch, Nicole; Floss, Doreen M.; Uhrberg, Markus; Gohlke, Holger; Scheu, StefanieProtein science 2171 IET-2 1.7.2025
Plant sperm cell sequencing for genome phasing and determination of meiotic crossover pointsZhang, Weiyi; Tariq, Arslan; Jia, Xinxin; Yan, Jianbing; Fernie, Alisdair R.; Usadel, Björn; Wen, WeiweiNature protocols 2171 1.7.2025
A full genome assembly reveals drought stress effects on gene expression and metabolite profiles in blackcurrant ( Ribes nigrum L.)Ziegler, Freya Maria Rosemarie; Rosenthal, Vivien; Vallarino, Jose G; Genzel, Franziska; Spettmann, Sarah; Seliga, Łukasz; Keller-Przybyłkowicz, Sylwia; Munnes, Lucas; Sønsteby, Anita; Osorio, Sonia; Usadel, BjörnHorticulture research 2171 1.7.2025
Characterization of a C-methyltransferase from Streptomyces griseoviridis – crystal structure, mechanism, and substrate scopeHaase, Mona; Weiergräber, Oliver H.; David, Benoit; Pfirmann, Elias L.; Paschold, Beatrix; Gohlke, Holger; Pietruszka, JörgChemical science 2172 IBI-7, IBOC 1.7.2025

B. Andere referierte Publikationen

Hierzu zählen Publikationen in Journals, die nicht unter (A) fallen. Die Vergabe einer DOI ist zwingende Voraussetzung. Sonderfall Erde und Umwelt: Hier zählen einschließlich Bücher und Buchkapitel.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenJournal/KonferenzPOFandere Institutezuletzt geändert
Haplotype-resolved genome assembly of the tetraploid potato cultivar DésiréeTim Godec; Sebastian Beier; Natalia Yaneth Rodriguez‐Granados; Rashmi Sasidharan; Lamis Abdelhakim; Markus Teige; Björn Usadel; Kristina Gruden; Marko PetekScientific Data Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 1.7.2025
What can we learn from the ecophysiology of plants inhabiting extreme environments?: from ‘<i>sherplants’</i> to ‘<i>shercrops’</i>Jaume Flexas; Alisdair R. Fernie; Björn Usadel; David García Alonso; Victoria Ardiles; Marilyn C. Ball; Daniel Ballesteros; Luis Bravo; Timothy J. Brodribb; Marc Carriquí; Francesc Castanyer‐Mallol; Lohengrin A. Cavieres; Thinles Chondol; María José Clemente‐Moreno; Rafael E. Coopman; Jan de Vries; Antonio Díaz-Espejo; Jiří Doležal; Verónica V. Ergo; Helena Fernández; Beatriz Fernández‐Marín; Jeroni Galmés; José Ignacio Garcı́a-Plazaola; Luís G. Quintanilla; Javier Gulías; A. Hernández; Kai Luo; Javier Martínez Abaigar; Martí Nadal; Ülo Niinemets; Enrique Ostria‐Gallardo; Alicia Perera-Castro; Usue Pérez‐López; Miquel Ribas‐Carbó; Margalida Roig‐Oliver; Rafael Moreno Rojas; Paloma Oliver; Tiina Tosens; Rodrigo Viveros; Dongliang Xiong; Jianbing Yan; Yan Zhang; Jorge GagoJournal of Experimental Botany Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 1.7.2025

C. Datenpublikationen (teilweise auch Software)

Hierzu zählen Publikationen, die in JuSER verzeichnet sind.

Fehlende POF-Zuordnungen muss man in JuSER nachtragen.

Da auf Jülich DATA bislang noch nicht zwischen Daten- und Software-Publikationen unterschieden wird, wird hier teilweise auch Software verzeichnet. Das ist aktuell für das Berichtswesen noch nicht kritisch und wird ab dem nächsten Jahr vermieden.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenPOFandere Institutezuletzt geändert
Software Quality Indicators: extraction, categorisation and recommendations from canonical sourcesMartin del Pico, Eva; Psomopoulos, Fotis; Portell Silva, Laura; Alves, Renato; Moretti, Sébastien; Sufi, Shoaib; Bouhraoua, Kamel Eddine Adel; Steinberg, David; Farrell, Gavin; Tsontaki, Maria; Andrade Buono, Rafael; Sebastian Beier; Garijo, Daniel; Fernández González, José María; Steeghs-Turchina, Mariia; Anton, Mihail; Palmblad, Magnus Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 1.7.2025
Software Quality Indicators: extraction, categorisation and recommendations from canonical sourcesMartin del Pico, Eva; Psomopoulos, Fotis; Portell Silva, Laura; Alves, Renato; Moretti, Sébastien; Sufi, Shoaib; Bouhraoua, Kamel Eddine Adel; Steinberg, David; Farrell, Gavin; Tsontaki, Maria; Andrade Buono, Rafael; Sebastian Beier; Garijo, Daniel; Fernández González, José María; Steeghs-Turchina, Mariia; Mihail, Anton Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 1.7.2025
Resolving dynamics and function of transient states in single enzyme molecules - Dataset for T26E functional mutantHemmen, Katherina; Seidel, Claus; Sanabria, Hugo; Hubbell, Wayne; Thomas-Otavio Peulen; Holger Gohlke; Dimura, Mykola Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! IHRS-BioSoft 1.7.2025
Resolving dynamics and function of transient states in single enzyme molecules - Dataset for T26E functional mutantHemmen, Katherina; Seidel, Claus; Sanabria, Hugo; Hubbell, Wayne; Thomas-Otavio Peulen; Holger Gohlke; Dimura, Mykola Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! IHRS-BioSoft 1.7.2025
Resolving dynamics and function of transient states in single enzyme molecules - Dataset for E11A functional mutantHemmen, Katherina; Seidel, Claus; Sanabria, Hugo; Hubbell, Wayne; Thomas-Otavio Peulen; Holger Gohlke; Dimura, Mykola Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! IHRS-BioSoft 1.7.2025
Resolving dynamics and function of transient states in single enzyme molecules - Dataset for E11A functional mutantHemmen, Katherina; Seidel, Claus; Sanabria, Hugo; Hubbell, Wayne; Thomas-Otavio Peulen; Holger Gohlke; Dimura, Mykola Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! IHRS-BioSoft 1.7.2025
Software Quality Indicators: extraction, categorisation and recommendations from canonical sourcesMartin del Pico, Eva; Psomopoulos, Fotis; Portell Silva, Laura; Alves, Renato; Moretti, Sébastien; Sufi, Shoaib; Bouhraoua, Kamel Eddine Adel; Steinberg, David; Farrell, Gavin; Tsontaki, Maria; Andrade Buono, Rafael; Sebastian Beier; Garijo, Daniel; Fernández González, José María; Steeghs-Turchina, Mariia; Mihail, Anton Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 1.7.2025
Software Quality Indicators: extraction, categorisation and recommendations from canonical sourcesMartin del Pico, Eva; Psomopoulos, Fotis; Portell Silva, Laura; Alves, Renato; Moretti, Sébastien; Sufi, Shoaib; Bouhraoua, Kamel Eddine Adel; Steinberg, David; Farrell, Gavin; Tsontaki, Maria; Andrade Buono, Rafael; Sebastian Beier; Garijo, Daniel; Fernández González, José María; Steeghs-Turchina, Mariia; Mihail, Anton Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 1.7.2025
Software Quality Indicators: extraction, categorisation and recommendations from canonical sourcesMartin del Pico, Eva; Psomopoulos, Fotis; Portell Silva, Laura; Alves, Renato; Moretti, Sébastien; Sufi, Shoaib; Bouhraoua, Kamel Eddine Adel; Steinberg, David; Farrell, Gavin; Tsontaki, Maria; Andrade Buono, Rafael; Sebastian Beier; Garijo, Daniel; Fernández González, José María; Steeghs-Turchina, Mariia; Anton, Mihail; Palmblad, Magnus Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 1.7.2025

D. Software-Publikationen

Hierzu zählen Publikationen, die in JuSER verzeichnet sind.

Fehlende POF-Zuordnungen muss man in JuSER nachtragen.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenPOFandere Institutezuletzt geändert
keine