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Inst Reports – Überblick über Publikationen der/des IBG-4 für das Berichtsjahr 2023

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Inhalt

Die Publikationen in den Abschnitten A und B sind alle Text-Publikationen, die für die Programmberichte bzw. den Zentrenfortschrittsbericht für das Jahr 2023 gemeldet werden. Diese Liste kann nicht mehr geändert werden. Jülicher Autoren sind fett gedruckt.

Die Publikationsliste dieses Berichtes gibt es auch als ODS-Datei, allerdings ist nur die aktuelle Webseite verbindlich für das Berichtswesen.

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A. ISI/Scopus-referierte Publikationen

Hierzu zählen Publikationen in Journals, die entweder in der Master Journal List „Web of Science Core Collection“ von Clarivate Analytics oder in der „Scopus Source List“ von Elsevier gelistet sind.

Anzahl zählbare Publikationen: 36

TitelAutorenJournal/KonferenzPOFandere Institutezuletzt geändert
SWEET11b transports both sugar and cytokinin in developing barley grainsSzymanski, Jedrzej J; Rolletschek, Hardy; Nour-Eldin, Hussam H; Hilo, Alexander; Xu, Deyang; Borisjuk, Ljudmilla; Sharma, Rajiv; Peleke, Fritz F; Hoffie, Iris; Crocoll, Christoph; Radchuk, Volodymyr; Gündel, Andre; Fuchs, Joerg; Muszynska, Aleksandra; Kumlehn, Jochen; Mayer, Simon; Neumann, Kerstin; Ortleb, Stefan; Wagner, Steffen; Belew, Zeinu M; Hensel, GoetzThe plant cell 2171 9.4.2024
The potential of integrative phenomics to harness underutilized crops for improving stress resilienceFaure, Jean-Denis; Gibon, Yves; Haslam, Richard P.; Usadel, Björn; Zanetti, Federica; Jonak, Claudia; Großkinsky, Dominik K.Frontiers in plant science 2171 8.4.2024
Integrative dynamic structural biology unveils conformers essential for the oligomerization of a large GTPaseHerrmann, Christian; Stadler, Andreas M; Gohlke, Holger; Klare, Johann P; Ince, Semra; Valeri, Alessandro; Lorenz, Charlotte; Folz, Julian; Hengstenberg, Carola S; Peulen, Thomas O; Dimura, Mykola; Hanke, Christian A; Farago, Bela; Seidel, Claus AM; Vöpel, Tobias; Biehl, RalfeLife 2171 JCNS-1 23.2.2024
Application of the C3-Methyltransferase StspM1 for the Synthesis of the Natural Pyrroloindole MotifPietruszka, Jörg; Haase, Mona; David, Benoit; Paschold, Beatrix; Classen, Thomas; Schneider, Pascal; Pozhydaieva, Nadiia; Gohlke, HolgerACS catalysis 2171 IBG-1 2.1.2024
Does Constitutive Expression of Defense-Related Genes and Salicylic Acid Concentrations Correlate with Field Resistance of Potato to Black Scurf Disease?Zrenner, Rita; Genzel, Franziska; Baldermann, Susanne; Guerra, Tiziana; Grosch, RitaBioengineering 2171 19.12.2023
PLANTdataHUB : a collaborative platform for continuous FAIR data sharing in plant researchDoniparthi, Gajendra; Lukasczyk, Jonas; Kranz, Angela; Deßloch, Stefan; von Suchodoletz, Dirk; Maus, Oliver; Wetzels, Florian; Weil, Heinrich Lukas; Bauer, Jonathan; Martins Rodrigues, Cristina; Tschöpe, Marcel; Brilhaus, Dominik; Mühlhaus, Timo; Grüning, Björn; Usadel, Björn; Garth, Christoph; Frey, Kevin; Zimmer, David; Schneider, KevinThe plant journal 2171 8.12.2023
Ontologies for increasing the FAIRness of plant research dataArnaud, Elizabeth; Kranz, Angela; Dörpholz, Hannah; Schrader, Andrea; Laporte, Marie-Angélique; Brilhaus, Dominik; Usadel, Björn; Neumann, Steffen; Dumschott, KathrynFrontiers in plant science 2171 7.12.2023
DivBrowse—interactive visualization and exploratory data analysis of variant call matricesScholz, Uwe; König, Patrick; Beier, Sebastian; Mascher, Martin; Stein, Nils; Lange, MatthiasGigaScience 2171 7.12.2023
The cyclophilin A-binding loop of the capsid regulates the human TRIM5α sensitivity of nonpandemic HIV-1Luedde, Tom; Gohlke, Holger; Münk, Carsten; Twizerimana, Augustin P.; Becker, Daniel; Zhu, ShenglinProceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2171 5.12.2023
DataPLAN: A Web-Based Data Management Plan Generator for the Plant SciencesKranz, Angela; Zhou, Xiao-Ran; Usadel, Björn; Beier, Sebastian; Brilhaus, Dominik; von Suchodoletz, Dirk; Twyman, Richard M.; Martins Rodrigues, Cristina; Mühlhaus, TimoData 2171 5.12.2023
Advances in fruit development and ripeningUsadel, Björn; Vicente, Ariel; Osorio, Sonia; Costa, Fabrizio; Gibon, YvesThe journal of experimental botany 2171 4.12.2023
AmberToolsMachado, Matias R.; Pan, Feng; Cheatham, Thomas E.; Cruzeiro, Vinícius Wilian D.; Cerutti, David S.; O’Hearn, Kurt A.; Li, Pengfei; Qi, Ruxi; Zhao, Shiji; Kaymak, Mehmet C.; King, Edward; Merz, Kenneth M.; Götz, Andreas W.; Luchko, Tyler; Nguyen, Hai Minh; Luo, Ray; Onufriev, Alexey V.; Manathunga, Madushanka; Shajan, Akhil; Zhang, Shi; Wu, Yongxian; Case, David A.; Roe, Daniel R.; Rahnamoun, Ali; Wang, Junmei; Forouzesh, Negin; Simmerling, Carlos; Aktulga, Hasan Metin; Risheh, Ali; Nagan, Maria C.; Roitberg, Adrian; Schott-Verdugo, Stephan; York, Darrin M.; Swails, Jason; Zhu, Qiang; Wei, Haixin; Pantano, Sergio; Gohlke, Holger; Kurtzman, Tom; Lee, Tai-Sung; Cisneros, G. Andrés; Giese, Timothy J.; Wu, Xiongwu; Izadi, Saeed; Kasavajhala, Koushik; Belfon, Kellon; Liu, JianJournal of chemical information and modeling 2171 25.10.2023
LISTER: Semiautomatic Metadata Extraction from Annotated Experiment Documentation in eLabFTWGohlke, Holger; Musyaffa, Fathoni A.; Rapp, KirstenJournal of chemical information and modeling 2171 25.10.2023
Regulation of STING activity in DNA sensing by ISG15 modificationGohlke, Holger; Fuchs, Nina V.; Gertzen, Christoph G. W.; Münk, Carsten; Haase, Alexandra; Lang, Philipp A.; Drexler, Ingo; Görg, Boris; König, Renate; Michel, Oliver; Luedde, Tom; Xu, Haifeng C.; Lin, Chaohui; Hirschenberger, Maximilian; Kaiser, Jesko; Tao, Ronny; Martin, Ulrich; Tang, Xiao; Kuffour, Edmund Osei; Kurz, Thomas; Sparrer, Konstantin M. J.Cell reports 2171; 5111 24.10.2023
Metabolomics and machine learning technique revealed that germination enhances the multi-nutritional properties of pigmented riceSreenivasulu, Nese; Alseekh, Saleh; Sartagoda, Kristel June D.; Usadel, Björn; Fernie, Alisdair R.; Tiozon, Rhowell Jr. N.Communications biology 2171 16.10.2023
Expanding the clinical and immunological phenotypes of PAX1-deficient SCID and CID patientsFan, Yu-Tong; Eser, Metin; Karatay, Emrah; Erman, Baran; Tekeoglu, Sidem Didar; Gungor, Hatice Eke; Notarangelo, Luigi D.; Turkyilmaz, Ayberk; Yakici, Nalan; Catak, Mehmet Cihangir; Worth, Austen; Bayram, Feyza; Albayrak, Davut; Adams, Stuart; Howley, Evey; Orhan, Fazil; Altunbas, Melek Yorgun; Kreins, Alexandra Y.; Davies, E. Graham; Eltan, Sevgi Bilgic; Karakoc-Aydiner, Elif; Babayeva, Royala; Kawai, Tomoki; Karakus, Ibrahim Serhat; Kenney, Heather; Delmonte, Ottavia Maria; Ghosh, Sujal; Bosticardo, Marita; Kara, Altan; Pala, Francesca; Ozen, Ahmet; Sefer, Asena Pinar; Kiykim, Ayca; Cea, Pablo A.; Kot, Hakan; Bulutoglu, Alper; Citli, Senol; Gohlke, Holger; Baris, SafaClinical immunology 5111; 2171 22.9.2023
An archaeal lid-containing feruloyl esterase degrades polyethylene terephthalateGurschke, Marno; Feuerriegel, Golo; Jaeger, Karl-Erich; Applegate, Violetta; Schmitz, Ruth A.; Costanzi, Elisa; Molitor, Rebecka; Dittrich, Jonas; Dierkes, Robert F.; Danso, Dominik; Perez-Garcia, Pablo; Thies, Stephan; Pfleger, Christopher; Streit, Wolfgang R.; Chow, Jennifer; Smits, Sander H. J.; Schumacher, Julia; Gohlke, Holger; Tete, PrinceCommunications chemistry 2171 IMET 22.9.2023
Pitfalls and potential of high-throughput plant phenotyping platformsFiorani, Fabio; Poorter, Hendrik; Nagel, Kerstin A.; Virnich, Olivia; Schurr, Ulrich; Postma, Johannes A.; van de Zedde, Rick; Wiese-Klinkenberg, Anika; Hummel, Grégoire M.; von Gillhaussen, PhilippFrontiers in plant science 2171 IBG-2 7.9.2023
Characterization of Bioactive Phenolic Compounds in Seeds of Chilean Quinoa (Chenopodium quinoa Willd.) GermplasmPandya, Archis; Thiele, Björn; Köppchen, Stephan; Zurita-Silva, Andres; Usadel, Björn; Fiorani, FabioAgronomy 2171 IBG-2, IBG-3 7.9.2023
Combining structural and coevolution information to unveil allosteric sitesDe Vivo, Marco; Janet, Jon Paul; Tyrchan, Christian; Schimpl, Marianne; Hogner, Anders; Böhm, Kerstin; La Sala, Giuseppina; Wissler, Lisa; Stubbs, Christopher J.; Gohlke, Holger; Pfleger, Christopher; Frolov, Andrey I.; Käck, Helena; Nevin, PhilipChemical science 5111; 2171 I:(DE-Juel1)NIC-20090406, JSC, IBI-7 25.8.2023
Functional characterization of novel or yet uncharacterized ATP7B missense variants detected in patients with clinical Wilson's diseaseHennig, Finja; Illig, Thomas; Reinkens, Thea; Schlegelberger, Brigitte; Pfister, Eva-Doreen; Behrendt, Annika; Gohlke, Holger; Stalke, Amelie; Buhl, Nicole; Baumann, Ulrich; Skawran, BrittaClinical genetics 2171 25.8.2023
Genomic, transcriptomic, and metabolomic analysis of Oldenlandia corymbosa reveals the biosynthesis and mode of action of anti‐cancer metabolitesFernie, Alisdair; Choo, Le M.; Mutwil-Anderwald, Daniela; Beh, Ing T.; Usadel, Björn; Low, Yee W.; Shining, Loo; Tam, James P.; Lam, Yuen I.; Kanagasundaram, Yoganathan; Nuc, Przemyslaw; Alseekh, Saleh; Mu, Yuguang; Yang, Lay K.; Tjia, Seth; Li, Hoi Y.; Khew, Gillian; Bozdech, Zbynek; Mutwil, Marek; Julca, Irene; Dziekan, Jerzy; Schmidt, Maximilian; Manoj, Vaishnervi; Lai, Soak Kuan; Lim, Shen K.; Tan, Qiao W.; Kam, Antony; Lim, Yoon P.; Khan, ZahraJournal of integrative plant biology 2171 23.6.2023
The giant diploid faba genome unlocks variation in a global protein cropWarsame, Ahmed O.; Stein, Nils; Tanskanen, Jaakko; Boussageon, Raphaël; Tayeh, Nadim; Imbert, Baptiste; Orabi, Jihad; Bednář, Petr; Robledillo, Laura Ávila; Koblížková, Andrea; Bornhofen, Elesandro; Stoddard, Frederick L.; Nielsen, Linda Kærgaard; Gundlach, Heidrun; Padmarasu, Sudharsan; Mouritzen, Troels W.; Schubert, Ingo; Wittenberg, Alexander H. J.; Torres, Ana M.; Schulman, Alan H.; Neumann, Pavel; Schiemann, Andrea; Courty, Pierre-Emmanuel; Fechete, Lavinia I.; Usadel, Björn; Smýkal, Petr; Krejčí, Petra; Cheung, Kwok; Doležel, Jaroslav; Janss, Luc L.; O’Sullivan, Donal Martin; Novák, Petr; Hallab, Asis; Macas, Jiří; Angra, Deepti; Himmelbach, Axel; Kobrlová, Lucie; Khazaei, Hamid; Holm, Liisa U.; Snowdon, Rod J.; Robertson-Shersby-Harvie, Tom; Törönen, Petri; Zhang, Hailin; Kaur, Sukhjiwan; Andersen, Stig Uggerhøj; Mascher, Martin; Kreplak, Jonathan; Čížková, Jana; Nadzieja, Marcin; Golicz, Agnieszka A.; Aubert, Grégoire; Stougaard, Jens; Keeble-Gagnère, Gabriel; Jayakodi, MurukarthickNature <London> 2171 22.6.2023
The architecture of the 10‐23 DNA zyme and its implications for DNA ‐mediated catalysisBorggräfe, Jan; Gertzen, Christoph G. W.; Viegas, Aldino; Gohlke, Holger; Etzkorn, ManuelThe FEBS journal 2171 IBI-7 16.5.2023
Resolution of Maximum Entropy Method-Derived Posterior Conformational Ensembles of a Flexible System Probed by FRET and Molecular Dynamics SimulationsGohlke, Holger; Dittrich, Jonas; Dimura, Mykola; Verma, Neha; Kubiak, Jakub; Dollinger, Peter; Peulen, Thomas-Otavio; Kovacic, Filip; Jaeger, Karl-Erich; Schepers, Bastian; Seidel, Claus A. M.; Popara, Milana; Schmitz, BirteJournal of chemical theory and computation 2171; 5111 I:(DE-Juel1)NIC-20090406, JSC, IBG-1, IMET 3.5.2023
TopEnzyme: a framework and database for structural coverage of the functional enzyme spacevan der Weg, Karel J; Gohlke, HolgerBioinformatics 5111; 2171 JSC, I:(DE-Juel1)NIC-20090406 29.3.2023
QTL analysis for ascorbic acid content in strawberry fruit reveals a complex genetic architecture and association with GDP-L-galactose phosphorylaseZurawicz, Edward; Mezzetti, Bruno; Ziegler, Freya Maria Rosemarie; Muñoz, Pilar; Petit, Aurélie; Gómez, José Antonio; Masny, Agnieszka; Usadel, Björn; Amaya, Iraida; Sánchez-Sevilla, José F; Denoyes, Béatrice; Castillejo, Cristina; Miranda, Luis; Olbricht, Klaus; Mazzoni, Luca; Trinkl, Johanna; Lesemann, Silke; Osorio, Sonia; Schwab, Wilfried; Haugeneder, Annika; Chartier, PhilippeHorticulture research 2171 28.3.2023
Development and Validation of a Multilingual Lexicon as a Key Tool for the Sensory Analyses and Consumer Tests of Blueberry and Raspberry FruitMcCallum, Susan; Zucchi, Paolo; Denoyes, Beatrice; Sánchez-Sevilla, José Federico; Mazzoni, Luca; Pinczinger, Dora; Predieri, Stefano; Kafkas, Nesibe Ebru; Savini, Gianluca; Chiara, Medoro; Fidelis, Marina; Höfer, Monika; Mezzetti, Bruno; Karhu, Saila; Senger, Elisa; Lippi, Nico; Sönmez, Duygu Ayvaz; Olbricht, Klaus; Osorio, Sonia; Rokka, Susanna; Gatti, Edoardo; Soria, Carmen; Usadel, Björn; Orsucci, Saverio; Cianciabella, MartaAgriculture 2171 27.3.2023
Enzyme adaptation to habitat thermal legacy shapes the thermal plasticity of marine microbiomesBargiela, Rafael; Coscolín, Cristina; Gohlke, Holger; Sanchez-Carrillo, Sergio; Barozzi, Alan; Matesanz, Ruth; Ferrer, Manuel; Marasco, Ramona; Daffonchio, Daniele; Fusi, Marco; Pfleger, Christopher; Mapelli, Francesca; Golyshin, Peter N.; Almendral, David; Nutschel, Christina Gohlke neé; Chernikova, Tatyana N.; Dittrich, JonasNature Communications 5111; 2171 JSC, I:(DE-Juel1)NIC-20090406 13.3.2023
FAIRagro: Ein Konsortium in der Nationalen Forschungsdateninfrastruktur (NFDI) für Forschungsdaten in der AgrosystemforschungHoedt, Florian; Asseng, Senthold; Boehm, Franziska; König, Patrick; Usadel, Björn; Hartmann, Thomas; Lischeid, Gunnar; Hoffmann, Carsten; Weiland, Claus; Fluck, Juliane; Stahl, Ulrike; Senft, Matthias; Rascher, Uwe; Lange, Matthias; Svoboda, Nikolai; Gackstetter, David; Feike, Til; Gonzales-Mellado, Aida; Webber, Heidi; Haunert, Jan-Henrik; Ewert, Frank; Specka, Xenia; Lindstädt, Birte; Schmalzl, Markus; Arend, Daniel; Lesch, Stephan; Martini, Daniel; Möller, Markus; Reif, Jochen ChristophInformatik-Spektrum 2171 IBG-2 28.2.2023
Loading and Co-Solvent-Triggered Release of Okanin, a C4 Plant Key Enzyme Inhibitor, into/from Functional MicrogelsTöpel, Alexander; Hofmann, Alexander; Groth, Georg; Pich, Andrij; Gohlke, Holger; Dittrich, Jonas; Kolodzy, FabianThe chemical engineering journal 5111; 2171 I:(DE-Juel1)NIC-20090406, JSC 22.2.2023
Atomic Resolution Insights into pH Shift Induced Deprotonation Events in LS-Shaped Aβ(1–42) Amyloid FibrilsWillbold, Dieter; Gardon, Luis; Freiburg, Patrick; Gohlke, Holger; Heise, Henrike; Becker, Nina; Frieg, Benedikt; Kupreichyk, Tatsiana; Gremer, Lothar; Neudecker, PhilippJournal of the American Chemical Society 5111; 2171; 352; 5244 I:(DE-Juel1)NIC-20090406, JSC, IBI-7 21.2.2023
Going broad and deep: sequencing‐driven insights into plant physiology, evolution, and crop domesticationFernie, Alisdair R.; Gui, Songtao; Martinez-Rivas, Felix Juan; Wen, Weiwei; Meng, Minghui; Yan, Jianbing; Usadel, BjörnThe plant journal 2171 9.2.2023
A novel binding site in the nicotinic acetylcholine receptor for MB327 can explain its allosteric modulation relevant for organophosphorus-poisoning treatmentWanner, Klaus T.; Worek, Franz; Kaiser, Jesko; Bernauer, Tamara; Höfner, Georg; Thiermann, Horst; Seeger, Thomas; Paintner, Franz F.; Gohlke, Holger; Gertzen, Christoph G. W.; Niessen, Karin V.Toxicology letters 5111; 5241 I:(DE-Juel1)NIC-20090406, JSC, IBI-7 1.2.2023
Cumulative Millisecond-Long Sampling for a Comprehensive Energetic Evaluation of Aqueous Ionic Liquid Effects on Amino Acid InteractionsEl Harrar, Till; Gohlke, HolgerJournal of chemical information and modeling 5111; 2171 I:(DE-Juel1)NIC-20090406, JSC, IBI-7 10.1.2023
Dissecting the impact of environment, season and genotype on blackcurrant fruit quality traitsSønsteby, Anita; Krüger, Erika; Jarret, Dorota; Durán-Soria, Sara; Gordon, Sandra L.; Jennings, Nikki; Brennan, Rex M.; Usadel, Björn; Masny, Agnieszka; Pont, Simon; Austin, Ceri; Vallarino, José G.; Allwood, J. William; Pott, Delphine M.; Stewart, Derek; Osorio, SoniaFood chemistry 2171 22.12.2022

B. Andere referierte Publikationen

Hierzu zählen Publikationen in Journals, die nicht unter (A) fallen. Die Vergabe einer DOI ist zwingende Voraussetzung. Sonderfall Erde und Umwelt: Hier zählen einschließlich Bücher und Buchkapitel.

Anzahl zählbare Publikationen: 1

TitelAutorenJournal/KonferenzPOFandere Institutezuletzt geändert
Diagnostic workup of suspected hereditary cholestasis in adults: a case reportHolger Gohlke Keine POF gefunden; wurde nicht gezählt! 26.4.2024
The ISG15-Protease USP18 Is a Pleiotropic Enhancer of HIV-1 ReplicationHolger GohlkeViruses Keine POF gefunden; wurde nicht gezählt! 26.4.2024
MS Binding Assays with UNC0642 as reporter ligand for the MB327 binding site of the nicotinic acetylcholine receptorHolger GohlkeToxicology letters Keine POF gefunden; wurde nicht gezählt! 26.4.2024
DataPLANT - Harnessing the Power of Ontologies for FAIR Research Data ManagementWeil, Heinrich Lukas; Mühlhaus, Timo; Frey, Kevin; Usadel, Björn; Kranz, Angela; Dumschott, Kathryn; Dörpholz, Hannah; Tschöpe, Marcel; Suchodoletz, Dirk vonE-Science-Tage 2023: Empower Your Research – Preserve Your Data 2171 7.12.2023

C. Datenpublikationen

Hierzu zählen Publikationen, die in Jülich DATA verzeichnet sind.

Fehlende POF-Zuordnungen muss man in Jülich DATA nachtragen. Bitte beachten Sie, dass diese Nachtragungen dann aber erst für das folgende Berichtsjahr gewertet werden, weil die Deadline für 2023 bereits verstrichen ist.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenPOFandere Institutezuletzt geändert
keine

D. Software-Publikationen

Hierzu zählen Publikationen, die in Jülich DATA verzeichnet sind.

Fehlende POF-Zuordnungen muss man in Jülich DATA nachtragen. Bitte beachten Sie, dass diese Nachtragungen dann aber erst für das folgende Berichtsjahr gewertet werden, weil die Deadline für 2023 bereits verstrichen ist.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenPOFandere Institutezuletzt geändert
keine