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Inst Reports – Überblick über Publikationen der/des IBG-4 für das Berichtsjahr 2025

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Inhalt

Die Publikationen in den Abschnitten A und B sind alle Text-Publikationen, die nach Stand 15.10.2025 für die Programmberichte bzw. den Zentrenfortschrittsbericht für das Jahr 2025 gemeldet werden. Jülicher Autoren sind fett gedruckt.

Stellen Sie bitte sicher, dass dies auch alle Publikationen sind, die aus Ihrem Institut bzw. Institutsbereich gemeldet werden sollen. Als einen Anhaltspunkt für eventuelle Nachtragungen können Sie einen Abgleich mit im „Web of Science“ gefundenen Publikationen nehmen, der stets Anfang November von der Zentralbibliothek verschickt wird.

Beachten Sie, dass u.U. einige der Publikationen in den Abschnitten A bis D noch keine POF-Zuordnung haben. Tragen Sie diese bitte nach, ansonsten werden die betroffenen Publikationen nicht gezählt.

Die Publikationsliste dieses Berichtes gibt es auch als ODS-Datei, allerdings ist nur die aktuelle Webseite verbindlich für das Berichtswesen.

Diese Seite ist ein Dienst der ZB. Fragen können Sie richten an: juser@fz-juelich.de

Der Quellcode, der diesen Bericht erstellt, ist frei verfügbar.

A. ISI/Scopus-referierte Publikationen

Hierzu zählen Publikationen in Journals, die entweder in der Master Journal List „Web of Science Core Collection“ von Clarivate Analytics oder in der „Scopus Source List“ von Elsevier gelistet sind.

Anzahl zählbare Publikationen: 18

TitelAutorenJournal/KonferenzPOFandere Institutezuletzt geändert
Human chitinases and chitinase-like proteins as emerging drug targets – a medicinal chemistry perspectiveKurç, Önder; Rähse, Nick; Gohlke, Holger; Cramer, JonathanRSC medicinal chemistry 2171 15.10.2025
Identification of non-charged 7.44 analogs interacting with the NHR2 domain of RUNX1-ETO with improved antiproliferative effect in RUNX-ETO positive cellsGopalswamy, Mohanraj; Bickel, David; Dienstbier, Niklas; Tu, Jia-Wey; Vogt, Melina; Schott-Verdugo, Stephan; Bhatia, Sanil; Etzkorn, Manuel; Gohlke, HolgerScientific reports 2171; 5241 IBI-7 15.10.2025
CD63 as novel target for nanoemulsion-based 19 F MRI imaging and drug delivery to activated cardiac fibroblastsMartínez, Arlen Aurora Euan; Bergmann, Ann Kathrin; Tellkamp, Frederik; Schott-Verdugo, Stephan; Bouvain, Pascal; Steinhausen, Julia; Bahr, Jasmin; Kmietczyk, Vivien; Bencun, Maja; Flögel, Ulrich; Distler, Jörg H. W.; Krueger, Marcus; Völkers, Mirko; Czekelius, Constantin; Gohlke, Holger; Temme, Sebastian; Hesse, Julia; Schrader, JürgenTheranostics 2171 15.10.2025
A full genome assembly reveals drought stress effects on gene expression and metabolite profiles in blackcurrant ( Ribes nigrum L.)Ziegler, Freya Maria Rosemarie; Rosenthal, Vivien; Vallarino, Jose G; Genzel, Franziska; Spettmann, Sarah; Seliga, Łukasz; Keller-Przybyłkowicz, Sylwia; Munnes, Lucas; Sønsteby, Anita; Osorio, Sonia; Usadel, BjörnHorticulture research 2171 15.10.2025
TopEC: prediction of Enzyme Commission classes by 3D graph neural networks and localized 3D protein descriptorvan der Weg, Karel; Merdivan, Erinc; Piraud, Marie; Gohlke, HolgerNature Communications 2171 15.10.2025
Proteins derived from green biomass: Alfalfa (Medicago sativa L.) and water lentil concentrate (Lemna minor L.) in the focus as stabilizers for emulsionsMüller, Maren; Holderer, Olaf; Schwärzer, Kuno; Wiese-Klinkenberg, Anika; Förster, Beate; Förster, Stephan; Kohlbrecher, Joachim; Wood, Kathleen; Wu, Baohu; Hauschild, Stephan; Frielinghaus, Henrich; Heiden-Hecht, TheresiaFood hydrocolloids for health 6G4; 5351; 632; 2171 JCNS-FRM-II, MLZ, JCNS-1, JCNS-4, ER-C-1 15.10.2025
Molecular mechanisms underlying the early steps of floral initiation in seasonal flowering genotypes of cultivated strawberryZiegler, Freya; Gaston, Amelia; Guy, Karine; Devers, Marie; Krüger, Erika; Brauksiepe, Bastienne; Eimert, Klaus; Osorio, Sonia; Denoyes, Beatrice; Usadel, BjörnFrontiers in plant science 2171 15.10.2025
PubPlant -a continuously updated online resource for sequenced and published plant genomesSchwacke, Rainer; Bolger, Marie; Usadel, BjörnFrontiers in plant science 2171 15.10.2025
TopCysteineDB: A Cysteinome-wide Database Integrating Structural and Chemoproteomics Data for Cysteine Ligandability PredictionBonus, Michele; Greb, Julian; Majmudar, Jaimeen D.; Boehm, Markus; Korczynska, Magdalena; Nazemi, Azadeh; Mathiowetz, Alan M.; Gohlke, HolgerJournal of molecular biology 2171 15.10.2025
Synthesis and Biological Evaluation of Nipecotic Acid Derivatives with Terminally Double-Substituted Allenic Spacers as mGAT4 InhibitorsJung, Maren; Sałat, Kinga; Höfner, Georg; Pabel, Jörg; Wyska, Elżbieta; Sierżęga, Marek; Furgała-Wojas, Anna; Gertzen, Christoph G. W.; Gohlke, Holger; Wanner, Klaus T.Journal of medicinal chemistry 2172 15.10.2025
A platform for the biomedical application of large language modelsLobentanzer, Sebastian; Feng, Shaohong; Bruderer, Noah; Maier, Andreas; Díaz, Adrián G.; Strange, Amy; Ismail, Anis; Kulaga, Anton; Dugourd, Aurelien; Zdrazil, Barbara; Chassagnol, Bastien; Pommier, Cyril; Lucarelli, Daniele; McDonagh, Ellen M.; Verkinderen, Emma; Delgado-Chaves, Fernando M.; Fuellen, Georg; Sonntag, Hannah; Menger, Jonatan; Christiaen, Lionel; Geistlinger, Ludwig; Zetsche, Luna Zacharias; Engelke, Marlis; McNutt, Megan; Harrison, Melissa; Hizli, Melissa; Usanov, Nikolai; Baracho, Patrick; Beier, Sebastian; Boeing, Stefan; Muranen, Taru A.; Le, Trang T.; Dragan, Valeriia; Zhou, Xiao-Ran; Nielsen-Tehranchian, Yasmin; Song, Yuyao; Wang, Cankun; Baumbach, Jan; Abreu-Vicente, Jorge; Krehl, Nils; Ma, Qin; Lemberger, Thomas; Saez-Rodriguez, JulioNature biotechnology 2171 15.10.2025
The mycotoxin Beauvericin is an uncompetitive inhibitor of Cathepsin BYang, Xiaoli; Cea-Medina, Pablo; Gopalswamy, Mohanraj; Vaidya, Aparna; Schavier, Sonja; Oltzen, Shixin; Moßner, Sofie; Huang, Anfei; Qi, Jing; Hölken, Johanna Maria; Teusch, Nicole; Floss, Doreen M.; Uhrberg, Markus; Gohlke, Holger; Scheu, StefanieProtein science 2171 IET-2 15.10.2025
The coming of age of DNA‐based catalysts for therapeutic applicationsHesse, Robert; Gertzen, Christoph G. W.; Schmuck, Jessica Felice; Böcker, Justin Darvin; Pandey, Piyush; Behn, Tobias; Ruth, Christopher; Riesner, Detlev; Kath-Schorr, Stephanie; Lang, Philipp A.; Gohlke, Holger; Etzkorn, ManuelClinical and translational medicine 2171; 5241 IBI-7 15.10.2025
Haplotype-resolved genomeassembly of the tetraploid potatocultivar DésiréeGodec, Tim; Beier, Sebastian; Rodriguez-Granados, NataliaYaneth; Sasidharan, Rashmi; Abdelhakim, Lamis; Teige, Markus; Usadel, Björn; Gruden, Kristina; Petek, MarkoScientific data 2171 15.10.2025
PyPE_RESP: A Tool to Facilitate and Standardize Derivation of RESP ChargesLapsien, Marco; Bonus, Michele; Gahan, Lianne; Raguin, Adélaïde; Gohlke, HolgerJournal of chemical information and modeling 2171 15.10.2025
Plant sperm cell sequencing for genome phasing and determination of meiotic crossover pointsZhang, Weiyi; Tariq, Arslan; Jia, Xinxin; Yan, Jianbing; Fernie, Alisdair R.; Usadel, Björn; Wen, WeiweiNature protocols 2171 15.10.2025
Characterization of a C-methyltransferase from Streptomyces griseoviridis – crystal structure, mechanism, and substrate scopeHaase, Mona; Weiergräber, Oliver H.; David, Benoit; Pfirmann, Elias L.; Paschold, Beatrix; Gohlke, Holger; Pietruszka, JörgChemical science 2172; 5241 IBI-7, IBOC 15.10.2025
Cyclophilin A Regulates Tripartite Motif 5 Alpha Restriction of HIV-1Wang, Tingting; Becker, Daniel; Twizerimana, Augustin Penda; Luedde, Tom; Gohlke, Holger; Münk, CarstenInternational journal of molecular sciences 2171 15.10.2025

B. Andere referierte Publikationen

Hierzu zählen Publikationen in Journals, die nicht unter (A) fallen. Die Vergabe einer DOI ist zwingende Voraussetzung. Sonderfall Erde und Umwelt: Hier zählen einschließlich Bücher und Buchkapitel.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenJournal/KonferenzPOFandere Institutezuletzt geändert
A Farnesoid X Receptor T296I Variant Disrupts Ligand-induced FXR Activation and thus Bile Acid Transport in Progressive Familial Intrahepatic Cholestasis.Annika Behrendt; Jan Stindt; Eva‐Doreen Pfister; Malte Sgodda; Tobias Cantz; Stefanie Brands; Carola Dröge; Amelie Stalke; Michele Bonus; Ulrich Baumann; Verena Keitel; Holger GohlkePubMed Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 15.10.2025
BrAPI v2: real-world applications for data integration and collaboration in the breeding and genetics communityPeter Selby; Rafael Abbeloos; Anne‐Françoise Adam‐Blondon; Michaël Alaux; Isabelle Alic; Khaled Al-Shamaa; Johan Steven Aparicio; Sebastian Beier; Alice Boizet; Matthijs Brouwer; Terry Casstevens; Arnaud Charleroy; Keo Corak; Kauê de Sousa; Stijn Dhondt; Bert Droesbeke; Manuel Feser; Mirella Flores-Gonzalez; Valentin Guignon; Asis Hallab; Jenna Hershberger; Amanda M. Hulse‐Kemp; Lynn Johnson; Sook Jung; Paul Kersey; Andrzej Kilian; Patrick König; László Láng; Matthias Lange; Marie‐Angélique Laporte; Taein Lee; Erwan Le Floch; Francisco J. Martínez‐López; Dorrie Main; Maria Marsella; Célia Michotey; Zachary Miller; Iain Milne; Lukas A. Mueller; P.J. Neveu; Nick Palladino; Timothy E Parsons; Cyril Pommier; Jean‐François Rami; Sebastian Raubach; Trevor W. Rife; Kelly R. Robbins; Mathieu Rouard; Guilhem Sempéré; Rajesh Shah; Paul D. Shaw; Becky Smith; Anne Tireau; Stéphan Weise; Shawn C. YarnesDatabase Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 15.10.2025
The extracellular domain of SaNSrFP binds bacitracin and allows the identification of new members of the BceAB transporter familyJulia Gottstein; Jens Reiners; Michele Bonus; Holger Gohlke; Sander H. J. SmitsFrontiers in Microbiology Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 15.10.2025
Genome sequencing and PEBP gene family analysis in Chinese yam (Dioscorea polystachya) identifies a candidate tuber inducing factorThomas Ried; Marie Bolger; Toshiyuki Sakai; Janina EppingPlant and Soil Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 15.10.2025
What can we learn from the ecophysiology of plants inhabiting extreme environments?: from ‘<i>sherplants’</i> to ‘<i>shercrops’</i>Jaume Flexas; Alisdair R. Fernie; Björn Usadel; David García Alonso; Marilyn C. Ball; Daniel Ballesteros; León A. Bravo; Timothy J. Brodribb; Marc Carriquí; Francesc Castanyer‐Mallol; Lohengrin A. Cavieres; Thinles Chondol; María José Clemente‐Moreno; Rafael E. Coopman; Jan de Vries; Antonio Díaz‐Espejo; Jiří Doležal; Verónica V. Ergo; Helena Fernández; Beatriz Fernández‐Marín; Jeroni Galmés; José Ignacio García‐Plazaola; Luís G. Quintanilla; Javier Gulías; A. Hernández; Kai Luo; Javier Martínez‐Abaigar; Miquel Nadal; Ülo Niinemets; Encarnación Núñez‐Olivera; Enrique Ostria‐Gallardo; Alicia Perera-Castro; Usue Pérez‐López; Miquel Ribas‐Carbó; Margalida Roig‐Oliver; Roke Rojas; Patricia L. Sáez; Tiina Tosens; Rodrigo Viveros; Dongliang Xiong; Jianbing Yan; Yali Zhang; Jorge GagoJournal of Experimental Botany Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 15.10.2025

C. Datenpublikationen (teilweise auch Software)

Hierzu zählen Publikationen, die in JuSER verzeichnet sind.

Fehlende POF-Zuordnungen muss man in JuSER nachtragen.

Da auf Jülich DATA bislang noch nicht zwischen Daten- und Software-Publikationen unterschieden wird, wird hier teilweise auch Software verzeichnet. Das ist aktuell für das Berichtswesen noch nicht kritisch und wird ab dem nächsten Jahr vermieden.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenPOFandere Institutezuletzt geändert
Software Quality Indicators: extraction, categorisation and recommendations from canonical sourcesMartin del Pico, Eva; Psomopoulos, Fotis; Portell Silva, Laura; Alves, Renato; Moretti, Sébastien; Sufi, Shoaib; Bouhraoua, Kamel Eddine Adel; Steinberg, David; Farrell, Gavin; Tsontaki, Maria; Andrade Buono, Rafael; Sebastian Beier; Garijo, Daniel; Fernández González, José María; Steeghs-Turchina, Mariia; Anton, Mihail; Palmblad, Magnus Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 15.10.2025
Software Quality Indicators: extraction, categorisation and recommendations from canonical sourcesMartin del Pico, Eva; Psomopoulos, Fotis; Portell Silva, Laura; Alves, Renato; Moretti, Sébastien; Sufi, Shoaib; Bouhraoua, Kamel Eddine Adel; Steinberg, David; Farrell, Gavin; Tsontaki, Maria; Andrade Buono, Rafael; Sebastian Beier; Garijo, Daniel; Fernández González, José María; Steeghs-Turchina, Mariia; Mihail, Anton Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 15.10.2025
Resolving dynamics and function of transient states in single enzyme molecules - Dataset for T26E functional mutantHemmen, Katherina; Seidel, Claus; Sanabria, Hugo; Hubbell, Wayne; Thomas-Otavio Peulen; Holger Gohlke; Dimura, Mykola Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! IHRS-BioSoft 15.10.2025
Resolving dynamics and function of transient states in single enzyme molecules - Dataset for T26E functional mutantHemmen, Katherina; Seidel, Claus; Sanabria, Hugo; Hubbell, Wayne; Thomas-Otavio Peulen; Holger Gohlke; Dimura, Mykola Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! IHRS-BioSoft 15.10.2025
Resolving dynamics and function of transient states in single enzyme molecules - Dataset for E11A functional mutantHemmen, Katherina; Seidel, Claus; Sanabria, Hugo; Hubbell, Wayne; Thomas-Otavio Peulen; Holger Gohlke; Dimura, Mykola Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! IHRS-BioSoft 15.10.2025
Resolving dynamics and function of transient states in single enzyme molecules - Dataset for E11A functional mutantHemmen, Katherina; Seidel, Claus; Sanabria, Hugo; Hubbell, Wayne; Thomas-Otavio Peulen; Holger Gohlke; Dimura, Mykola Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! IHRS-BioSoft 15.10.2025
Software Quality Indicators: extraction, categorisation and recommendations from canonical sourcesMartin del Pico, Eva; Psomopoulos, Fotis; Portell Silva, Laura; Alves, Renato; Moretti, Sébastien; Sufi, Shoaib; Bouhraoua, Kamel Eddine Adel; Steinberg, David; Farrell, Gavin; Tsontaki, Maria; Andrade Buono, Rafael; Sebastian Beier; Garijo, Daniel; Fernández González, José María; Steeghs-Turchina, Mariia; Mihail, Anton Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 15.10.2025
Software Quality Indicators: extraction, categorisation and recommendations from canonical sourcesMartin del Pico, Eva; Psomopoulos, Fotis; Portell Silva, Laura; Alves, Renato; Moretti, Sébastien; Sufi, Shoaib; Bouhraoua, Kamel Eddine Adel; Steinberg, David; Farrell, Gavin; Tsontaki, Maria; Andrade Buono, Rafael; Sebastian Beier; Garijo, Daniel; Fernández González, José María; Steeghs-Turchina, Mariia; Mihail, Anton Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 15.10.2025
Software Quality Indicators: extraction, categorisation and recommendations from canonical sourcesMartin del Pico, Eva; Psomopoulos, Fotis; Portell Silva, Laura; Alves, Renato; Moretti, Sébastien; Sufi, Shoaib; Bouhraoua, Kamel Eddine Adel; Steinberg, David; Farrell, Gavin; Tsontaki, Maria; Andrade Buono, Rafael; Sebastian Beier; Garijo, Daniel; Fernández González, José María; Steeghs-Turchina, Mariia; Anton, Mihail; Palmblad, Magnus Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 15.10.2025

D. Software-Publikationen

Hierzu zählen Publikationen, die in JuSER verzeichnet sind.

Fehlende POF-Zuordnungen muss man in JuSER nachtragen.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenPOFandere Institutezuletzt geändert
keine