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Inst Reports – Überblick über Publikationen der/des INM-9 für das Berichtsjahr 2023

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Inhalt

Die Publikationen in den Abschnitten A und B sind alle Text-Publikationen, die für die Programmberichte bzw. den Zentrenfortschrittsbericht für das Jahr 2023 gemeldet werden. Diese Liste kann nicht mehr geändert werden. Jülicher Autoren sind fett gedruckt.

Die Publikationsliste dieses Berichtes gibt es auch als ODS-Datei, allerdings ist nur die aktuelle Webseite verbindlich für das Berichtswesen.

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Der Quellcode, der diesen Bericht erstellt, ist frei verfügbar.

A. ISI/Scopus-referierte Publikationen

Hierzu zählen Publikationen in Journals, die entweder in der Master Journal List „Web of Science Core Collection“ von Clarivate Analytics oder in der „Scopus Source List“ von Elsevier gelistet sind.

Anzahl zählbare Publikationen: 20

TitelAutorenJournal/KonferenzPOFandere Institutezuletzt geändert
Metadynamics simulations of ligands binding to protein surfaces: a novel tool for rational drug designKranjc, Agata; Capelli, Riccardo; Rossetti, Giulia; Nechushtai, Rachel; Carloni, Paolo; Zuo, KePhysical chemistry, chemical physics 5241; 5111 IAS-5, JSC 31.1.2024
EphrinA5 regulates cell motility by modulating Snhg15/DNA triplex-dependent targeting of DNMT1 to the Ncam1 promoterWolff, Philip; Kundu, Tathagata; Zimmer-Bensch, Geraldine; Zimmermann, Olav; Kraft, Florian; Ravaei, Amin; Costa, Ivan G.; Pensold, Daniel; Gehrmann, Julia; Koesling, Jannis; Rossetti, Giulia; Jakovcevski, Mira; Yildiz, Can Bora; Maié, TiagoEpigenetics & chromatin 5111; 5241 JSC, IAS-5 19.12.2023
A unified framework for machine learning collective variables for enhanced sampling simulations: mlcolvarParrinello, Michele; Bonati, Luigi; Trizio, Enrico; Rizzi, AndreaThe journal of chemical physics 5241 IAS-5 5.12.2023
Physical Chemistry of Chloroquine Permeation through the Cell Membrane with Atomistic DetailIppoliti, Emiliano; Rossetti, Giulia; Arnesano, Fabio; Carloni, Paolo; Paulikat, Mirko; Piccini, GiovanniMariaJournal of chemical information and modeling 5241 IAS-5 5.12.2023
Free energies at QM accuracy from force fields via multimap targeted estimationRizzi, Andrea; Carloni, Paolo; Parrinello, MicheleProceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 5241 IAS-5 5.12.2023
AI-based identification of therapeutic agents targeting GPCRs: introducing ligand type classifiers and systems biologyGiorgetti, Alejandro; Rossetti, Giulia; Goßen, Jonas; Ribeiro, Rui Pedro; Bier, Dirk; Neumaier, Bernd; Carloni, PaoloChemical science 5254; 5252 IAS-5, JSC, INM-5 21.9.2023
Drug Design in the Exascale Era: A Perspective from Massively Parallel QM/MM SimulationsIppoliti, Emiliano; Mandelli, Davide; Rizzi, Andrea; Raghavan, Bharath; Bonati, Laura; De Vivo, Marco; Paulikat, Mirko; Ahmad, Katya; Carloni, Paolo; Callea, LaraJournal of chemical information and modeling 5241 IAS-5 8.9.2023
Fluoride permeation mechanism of the Fluc channel in liposomes revealed by solid-state NMRSchackert, Florian Karl; Song, Dan; Li, Juan; Tian, Changlin; Shi, Chaowei; Gong, Weimin; Alfonso-Prieto, Mercedes; Zhang, Jin; Xiang, Shengqi; Carloni, PaoloScience advances 5241 IAS-5 8.9.2023
Low Molecular Weight Inhibitors Targeting the RNA-Binding Protein HuRJoseph, Benjamin Philipp; Weber, Verena; Knüpfer, Lisa; Giorgetti, Alejandro; Alfonso-Prieto, Mercedes; Krauß, Sybille; Carloni, Paolo; Rossetti, GiuliaInternational journal of molecular sciences 5241; 5252 IAS-5 7.9.2023
Structural Space of the Duffy Antigen/Receptor for Chemokines’ Intrinsically Disordered Ectodomain 1 Explored by Temperature Replica-Exchange Molecular Dynamics SimulationsNarwani, Tarun Jairaj; Abby, Sophie S.; de Brevern, Alexandre G.; Kranjc Pietrucci, AgataInternational journal of molecular sciences 5241 IAS-5 6.9.2023
Machine Learning-Based Modeling of Olfactory Receptors in Their Inactive State: Human OR51E2 as a Case StudyAlfonso-Prieto, Mercedes; Capelli, RiccardoJournal of chemical information and modeling 5241 IAS-5 27.6.2023
Sodium channels and local anesthetics – old friends with new perspectivesRossetti, Giulia; Lampert, Angelika; Körner, Jannis; Albani, Simone; Vishal Sudha Bhagavath Eswaran; Röhl, Anna BFrontiers in pharmacology 5252 IAS-5 15.5.2023
SPEADI: Accelerated Analysis of IDP-Ion Interactions from MD-Trajectoriesde Bruyn, Emile; Dorn, Anton; Zimmermann, Olav; Rossetti, GiuliaBiology 5111 JSC, IAS-5 20.4.2023
MiMiCPy: An Efficient Toolkit for MiMiC-Based QM/MM SimulationsMandelli, Davide; Olsen, Jógvan Magnus Haugaard; Rothlisberger, Ursula; Carloni, Paolo; Raghavan, Bharath; Schackert, Florian K.; Levy, Andrea; Johnson, Sophia K.; Ippoliti, EmilianoJournal of chemical information and modeling 5241 IAS-5 16.3.2023
Substrate-Assisted Mechanism for the Degradation of N -Glycans by a Gut Bacterial Mannoside PhosphorylaseAndré, Isabelle; Rovira, Carme; Alfonso-Prieto, Mercedes; Cuxart, Irene; Potocki-Véronèse, GabrielleACS catalysis 5241 IAS-5 15.3.2023
Molecular determinants of acrylamide neurotoxicity through covalent dockingMueller, Nicolas Pierre Friedrich; Carloni, Paolo; Alfonso-Prieto, MercedesFrontiers in pharmacology 5241; 5252 IAS-5 15.3.2023
Neprilysin-dependent neuropeptide Y cleavage in the liver promotes fibrosis by blocking NPY-receptor 1Schierwagen, Robert; Torres, Sandra; Hellerbrand, Claus; Mira, Fabio; Ortiz, Cristina; Hieber, Christoph; Zeuzem, Stefan; Magdaleno, Fernando; Gröschl, Stefanie; Kraus, Nico; Dietrich, Peter; Meier, Caroline; Poglitsch, Marco; Moore, Andrew; Brol, Maximilian; Reul, Winfried H.; Welsch, Christoph; Alfonso-Prieto, Mercedes; Keller, Ulrich auf dem; Uschner, Frank E.; Walther, Thomas; Tyc, Olaf; Trebicka, Jonel; Tetzner, Anja; Klein, SabineCell reports 5241 IAS-5 15.3.2023
Predictions of the Poses and Affinity of a Ligand over the Entire Surface of a NEET Protein: The Case of Human MitoNEETNechushtai, Rachel; Carloni, Paolo; Zuo, Ke; Capelli, Riccardo; Rossetti, GiuliaJournal of chemical information and modeling 5241; 5111 IAS-5, JSC 21.2.2023
Graphs of protein-water hydrogen bond networks to dissect structural movies of ion-transfer microbial rhodopsinsBondar, Ana-Nicoleta; Bertalan, ÉvaFrontiers in Chemistry 5241 IAS-5 2.2.2023
Multiscale molecular simulations to investigate adenylyl cyclase‐based signaling in the brainTrpevski, Daniel; Rothlisberger, Ursula; Carloni, Paolo; Vidossich, Pietro; Martin, Juliette; Colizzi, Francesco; Frezza, Elisa; Diaz, Nuria Cirauqui; Hellgren Kotaleski, Jeanette; Wade, Rebecca C.; van Keulen, Siri C.Wiley interdisciplinary reviews / Computational Molecular Science 5241 IAS-5 26.1.2023

B. Andere referierte Publikationen

Hierzu zählen Publikationen in Journals, die nicht unter (A) fallen. Die Vergabe einer DOI ist zwingende Voraussetzung. Sonderfall Erde und Umwelt: Hier zählen einschließlich Bücher und Buchkapitel.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenJournal/KonferenzPOFandere Institutezuletzt geändert
keine

C. Datenpublikationen

Hierzu zählen Publikationen, die in Jülich DATA verzeichnet sind.

Fehlende POF-Zuordnungen muss man in Jülich DATA nachtragen. Bitte beachten Sie, dass diese Nachtragungen dann aber erst für das folgende Berichtsjahr gewertet werden, weil die Deadline für 2023 bereits verstrichen ist.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenPOFandere Institutezuletzt geändert
keine

D. Software-Publikationen

Hierzu zählen Publikationen, die in Jülich DATA verzeichnet sind.

Fehlende POF-Zuordnungen muss man in Jülich DATA nachtragen. Bitte beachten Sie, dass diese Nachtragungen dann aber erst für das folgende Berichtsjahr gewertet werden, weil die Deadline für 2023 bereits verstrichen ist.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenPOFandere Institutezuletzt geändert
keine