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Inst Reports – Überblick über Publikationen der/des INM-9 für das Berichtsjahr 2026

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Inhalt

Die Publikationen in den Abschnitten A und B sind alle Text-Publikationen, die nach Stand 19.7.2026 für die Programmberichte bzw. den Zentrenfortschrittsbericht für das Jahr 2026 gemeldet werden. Jülicher Autoren sind fett gedruckt.

Stellen Sie bitte sicher, dass dies auch alle Publikationen sind, die aus Ihrem Institut bzw. Institutsbereich gemeldet werden sollen.

Beachten Sie, dass u.U. einige der Publikationen in den Abschnitten A bis D noch keine POF-Zuordnung haben. Tragen Sie diese bitte nach, ansonsten werden die betroffenen Publikationen nicht gezählt.

Die Publikationsliste dieses Berichtes gibt es auch als ODS-Datei, allerdings ist nur die aktuelle Webseite verbindlich für das Berichtswesen.

Diese Seite ist ein Dienst der ZB. Fragen können Sie richten an: juser@fz-juelich.de

Der Quellcode, der diesen Bericht erstellt, ist frei verfügbar.

A. ISI/Scopus-referierte Publikationen

Hierzu zählen Publikationen in Journals, die entweder in der Master Journal List „Web of Science Core Collection“ von Clarivate Analytics oder in der „Scopus Source List“ von Elsevier gelistet sind.

Anzahl zählbare Publikationen: 8

TitelAutorenJournal/KonferenzPOFandere Institutezuletzt geändert
Protonation-dependent substrate release in a bacterial homolog of vesicular glutamatePlate, Charles; Dmitrieva, Natalia; Gholami, Samira; Alfonso-Prieto, Mercedes; Deshmukh, Sanket A.; Mandelli, Davide; Carloni, Paolo; Fahlke, ChristophBiophysical journal 5241; 5251; 5252 IBI-1 19.7.2026
Structural and functional role of the magnesium ion in the human oxytocin receptorMusiani, Francesco; Al Sadi, Samira; Giorgetti, Alejandro; Alfonso-Prieto, Mercedes; Carloni, PaoloJournal of inorganic biochemistry 5241; 5251; 5252 19.7.2026
Hamiltonian model for energy condensation in classical Systems: Relevance to proteinsPreto, Jordane; Calandrini, Vania; Floriani, Elena; Katona, Gergely; Pettini, MarcoPhysical review research 5241 19.7.2026
Binding pose depth modulates photoswitchable ligands’ efficacy at the 5-HT2A receptorWeber, Verena; Salvadori, Giacomo; Natale, Federico; Gerwe, Hubert; Decker, Michael; Carloni, Paolo; Rossetti, GiuliaCommunications chemistry 5241 19.7.2026
MiMiCPy-FM: A User-Friendly Force Matching Tool for Extending the Time Scale of QM/MM MD MiMiC SimulationsShivakumar, Sachin; Frumenzio, Giorgia; Musiani, Francesco; Affinito, Fabio; Ippoliti, Emiliano; Raghavan, Bharath; Rossetti, Giulia; Mandelli, Davide; Carloni, PaoloJournal of chemical information and modeling 899 19.7.2026
pH-Responsive peptide nanopores are stabilized by lipid and water-mediated hydrogen bonding networksBondar, Ana-Nicoleta; Lešnik, Samo; Hristova, Kalina; Wimley, William C.Nanoscale 5241 19.7.2026
From Atoms to Neuronal Spikes: A Multiscale Simulation FrameworkDamjanovic, Ana; Carnevale, Vincenzo; Hater, Thorsten; Sultan, Nauman; Rossetti, Giulia; Diaz, Sandra; Carloni, PaoloJournal of chemical theory and computation 5111; 5251; 5254 JSC 19.7.2026
pH-dependent structural dynamics of neuropeptide Y in aqueous solutionNguyen, Hoa Thi; Spehr, Marc; Bondar, Ana-Nicoleta; Carloni, PaoloPLOS ONE 5241 19.7.2026
Screening assay to monitor mono-ADP-ribosylhydrolase activity of viral macrodomains in cellsKnapp, Sarah; Weber, Verena; Verheirstraeten, Maud; Sabcheva, Ani; Wright, Tanner; Herkens, Lea; Hauser, Lukas; Hirschen, Lea; Golzmann, Alexandra; Lippok, Barbara; Krieg, Sarah; Ferraris, Dana; Knapp, Stefan; Ladurner, Andreas G.; Rossetti, Giulia; Lüscher, Bernhard; Korn, PatriciaCommunications biology 5241 19.7.2026

B. Andere referierte Publikationen

Hierzu zählen Publikationen in Journals, die nicht unter (A) fallen. Die Vergabe einer DOI ist zwingende Voraussetzung. Sonderfall Erde und Umwelt: Hier zählen einschließlich Bücher und Buchkapitel.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenJournal/KonferenzPOFandere Institutezuletzt geändert
hexABC seeking the physical code of DNAFederica Battistini; Miłosz Wieczór; Marco Pasi; Juan Pablo Arcon; Israel Serrano‐Chacón; Alba Sala; Agustín García-Doñate; Liwei Chang; Jorge R. Espinosa; Linh Hoang Gia; Kazi Amirul Hossain; Thomas C. Bishop; Paolo Carloni; Rosana Collepardo‐Guevara; Jacek Czub; Pablo D. Dans; Sarah A. Harris; Charles A. Laughton; Rodrigo Galindo‐Murillo; John H. Maddocks; Agnes Noy; Alberto Pérez; Daiva Petkevičiūtė-Gerlach; Modesto OrozcoNature Communications Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 10.7.2026
Phenylalanine Versus Tyrosine (Pos. 367/332 in <scp>MCT1</scp> / <scp>MCT4</scp> ) in the Substrate Binding Site Defines Affinity and Preferred Directionality of Human Monocarboxylate Transporters 1–4Jan‐Bernd Hövener; Andrey N. Pravdivtsev; Ana-Nicoleta Bondar; Eric BeitzActa Physiologica Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 10.7.2026
Decoding Cancer-Associated Mutations in DNA Polymerase η through Atomistic SimulationsPaolo Carloni; Marco De VivoJournal of Chemical Theory and Computation Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 10.7.2026
Calcium controls type III secretion switch through an SctV-SctW interplayAna-Nicoleta Bondar; Spyridoula Karamanou; Anastassios EconomouFrontiers in Microbiology Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 10.7.2026
MiMiCPy-FM: a user-friendly force matching tool for extending the time scale of QM/MM MD MiMiC simulationsSachin Shivakumar; Francesco Musiani; Fabio Affinito; Emiliano Ippoliti; Barath Raghavan; Giulia Rossetti; Davide Mandelli; Paolo CarloniZenodo (CERN European Organization for Nuclear Research) Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 10.7.2026
MiMiCPy-FM: a user-friendly force matching tool for extending the time scale of QM/MM MD MiMiC simulationsSachin Shivakumar; Francesco Musiani; Fabio Affinito; Emiliano Ippoliti; Barath Raghavan; Giulia Rossetti; Davide Mandelli; Paolo CarloniZenodo (CERN European Organization for Nuclear Research) Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 10.7.2026
Vibronic Reorganization Suppresses Salinixanthin-to-Retinal Energy Transfer in the Freshwater Kin4B8 XanthorhodopsinGiacomo Salvadori; Piermarco SaracenoThe Journal of Physical Chemistry Letters Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 10.7.2026
List of contributorsY. Ajili; Silvia Alessandrini; Małgorzata Biczysko; Silvia Casassa; Luigi Maria Cavallo; Dibyajyoti Chakravarti; Marta Devodier; Sayan Deb Dutta; Christoph Fahlke; C. Gopalakrishnan; Sonja Grubišić; Yafu Guan; Leonardo Guidoni; Hua Guo; Tobias Henkes; M. Hochlaf; Amir Karton; Mohandas Sanjay Kumar; Vanessa Labet; Marco Mendolicchio; Francesca Mocci; Magdalena Pagacz-Kostrzewa; Konrad Patkowski; Fulvio Perrella; Alessio Petrone; Tomislav Piteša; Paul L. A. Popelier; Nadjib Rais; Chiara Ribaldone; Albert Rimola; Zoi Salta; Marin Sapunar; Kaido Sillar; Nicola Tasinato; Anoopa ThomasElsevier eBooks Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! IBI-1 10.7.2026
Correction: Structural and spectroscopic basis of excitation energy transfer in microbial rhodopsins binding xanthophyllsGiacomo Salvadori; Piermarco SaracenoChemical Science Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 28.2.2026
Vibronic Reorganization Suppresses Salinixanthin-to-Retinal Energy Transfer in the freshwater Kin4B8 XanthorhodopsinGiacomo Salvadori; Piermarco Saraceno; Shaima Hashem Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 28.2.2026
Source Data for the publication: "Binding pose depth modulates photoswitchable ligands' efficacy at the 5-HT2A receptor"Verena Weber; Giacomo Salvadori; Hubert Gerwe; Michael DeckerZenodo (CERN European Organization for Nuclear Research) Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 28.2.2026
Source Data for the publication: "Binding pose depth modulates photoswitchable ligands' efficacy at the 5-HT2A receptor"Verena Weber; Giacomo Salvadori; Hubert Gerwe; Michael DeckerZenodo (CERN European Organization for Nuclear Research) Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 28.2.2026
Fluctuating hydrogen-bond network of the Hv1 ion channelHoney Jain; Peter Pohl; Ana-Nicoleta BondarComputational and Structural Biotechnology Journal Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 14.2.2026
Repeatability of Relative Free Energy Calculations in Solution with ANI-2x and MACE-OFF23Sara Tkaczyk; Thierry Langer; Marcus Wieder; Andrea Rizzi; Stefan BoreschJournal of Chemical Theory and Computation Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 12.2.2026
Multiscale Computational Dissection of CCRL2-Mediated Chemerin PresentationAntonella Migliorini; Samuele Di Cristofano; Alessandro Marchetto; Rui Ribeiro; Mattia Laffranchi; Elena Cerioni; Francesco Quilli; Alejandro Giorgetti; Giulia Rossetti; Annalisa Del Prete; Tiziana Borsello; Domenico RaimondoJournal of Chemical Information and Modeling Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! IAS-5 12.2.2026
In silico insights into the activation mechanism of the P2Y12 receptor: Identification of a novel histidine-mediated microswitchAlejandro GiorgettiInternational Journal of Biological Macromolecules Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 12.2.2026
Ultrafast, remote-controlled protonation reaction enables structural changes in a phytochromeS. Madan Kumar; Lukas Grunewald; Weixiao Yuan Wahlgren; Brigitte Stucki-Buchli; Amke Nimmrich; Moona Kurttila; Anna-Lena M. Fischer; Giacomo Salvadori; Andrea Cellini; Piotr Maj; Atsarina Larasati Anindya; Elin Claesson; Fangjia Luo; Tek Narsingh Malla; Suraj Pandey; Takehiko Tosha; Shigeki Owada; Kensuke Tono; Rie Tanaka; Emina A. Stojković; Dmitry Morozov; Pasi Myllyperkiö; Tatu Kumpulainen; Heikki Takala; Marius Schmidt; Janne A. Ihalainen; Sebastian WestenhoffScience Advances Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 12.2.2026
Site-Directed Mutagenesis and Time-Resolved Fluorescence Spectroscopy Reveal That Two Hydrogen-Bonded Carboxylic Side Chains Are Essential for GPR68 Proton Sensing and G Protein BindingB.M. Kapur; Eva M. Garrido‐Martín; Ana-Nicoleta Bondar; Michael Schuler; Esther Schmidt; Herbert Nar; Gisela SchnappACS Pharmacology & Translational Science Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 12.2.2026
Design, Synthesis, and In Vitro Characterization of a Tryptamine-Based Visible-Light Photoswitchable 5-HT<sub>2A</sub>R Ligand Showing Efficacy Preference for β-Arrestin over Mini-GqAlexandra Sink; Eline Pottie; Samuel J. Carter; Robert J. Tombari; Verena Weber; Paolo Carloni; Giulia Rossetti; David E. Olson; Christophe P. Stove; Michael DeckerJournal of Medicinal Chemistry Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 12.2.2026
Structural and spectroscopic basis of excitation energy transfer in microbial rhodopsins binding xanthophyllsGiacomo Salvadori; Piermarco Saraceno; Chris JohnChemical Science Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 12.2.2026
Structural insights into light-gating of potassium-selective channelrhodopsinTakefumi Morizumi; Kyumhyuk Kim; Hai Li; Probal Nag; Oleg A. Sineshchekov; Yumei Wang; Leonid S. Brown; Songhwan Hwang; Han Sun; Ana-Nicoleta Bondar; Igor Schapiro; Elena G. Govorunova; John L. Spudich; Oliver P. ErnstNature Communications Nicht in JuSER oder ohne POF; würde nicht gezählt! 12.2.2026

C. Datenpublikationen (teilweise auch Software)

Hierzu zählen Publikationen, die in JuSER verzeichnet sind.

Fehlende POF-Zuordnungen muss man in JuSER nachtragen.

Da auf Jülich DATA bislang noch nicht zwischen Daten- und Software-Publikationen unterschieden wird, wird hier teilweise auch Software verzeichnet. Das ist aktuell für das Berichtswesen noch nicht kritisch und wird ab dem nächsten Jahr vermieden.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenPOFandere Institutezuletzt geändert
keine

D. Software-Publikationen

Hierzu zählen Publikationen, die in JuSER verzeichnet sind.

Fehlende POF-Zuordnungen muss man in JuSER nachtragen.

Anzahl zählbare Publikationen: 0

TitelAutorenPOFandere Institutezuletzt geändert
keine